Il museo sorge presso il Capo Schisò e l'attuale porto di Giardini Naxos, ai margini dell'area archeologica dell'antica città di Naxos, alla quale, si accede anche dagli spazi limitrofi al museo, grazie all'apertura di un percorso di visita, che, ricalcando in parte il tracciato di un importante asse stradale del V sec. a. C., conduce sino al versante occidentale delle mura.

La sede museale si articola in tre corpi di fabbrica due dei quali destinati all'esposizione. L'edificio "A" realizzato negli anni '70 quando venne istituito il museo, e l'edificio "B", torrione del fortino borbonico di cui restano larghi tratti di mura.

Il Museo illustra la storia della colonia greca di Naxos, prendendo al contempo in esame le evidenze preistoriche, attestanti l'ininterrotta continuità di vita nel sito, dal neolitico sino all'arrivo dei Greci nonché testimonianze dal territorio (Cocolonazzo di Mola, grotta Monaci, Fiumedenisi, Malvagna).

Naxos fu fondata nel 734 a.C. dai Calcidesi, salpati dall'isola greca di Eubea sotto la guida di Teocle.

La città, nata sulla rotta che le navi euboiche seguivano per raggiungere Ischia e da lì commerciare con gli Etruschi, fu il fulcro dell'espansione calcidese in Sicilia dalla quale lo stesso Teocle si mosse per fondare Leontinoi e Katane.

La storia della città, segnata dalla rivalità con la potente Siracusa, fu breve e si concluse nell'arco di poco più di tre secoli, quando fu distrutta nel 403 a.C. da Dionigi di Siracusa.Le collezioni sono costituite in massima parte da reperti provenienti dagli scavi che, condotti a partire dal 1953, sono ancora in corso nel sito dell'antica colonia.Un ristretto gruppo di materiali rinvenuti tra la fine dell '800 e gli inizi del nostro secolo proviene dai Musei Archeologici di Palermo e Siracusa e, molto di recente, anche dal Museo dell'Università di Heidelberg grazie alla cessione di un frammento di arula con sfingi affrontate, che, acquistato nel 1902 a Taormina da F. von Duhn, risulta perfettamente riconnettibile ad uno del Museo di Naxos. I numerosi manufatti ceramici documentano le diverse fasi di vita della città, i suoi rapporti commerciali, la sua cultura materiale.Le terrecotte figurate, quelle architettoniche, le antefisse a maschera silenica testimoniano il fiorire già agli inizi del VI secolo a.C. di una architettura monumentale di carattere sacro nonché l'attività vivace di officine coroplastiche (che realizzavano oggetti in terracotta).Manufatti diversi, infine, documentano il sopravvivere sino ad epoca bizantina di nuclei abitati attorno alla baia.Sono esposti anche oggetti rinvenuti nel territorio come lo splendido elmo bronzeo di età ellenistica da Moio, nella Valle dell'Alcantara. Una sezione del Museo è dedicata ai ritrovamenti subacquei con esposizione di numerosi ceppi d'ancora e di talune anfore da trasporto.

L'ordinamento segue un criterio cronologico.

Piano terra

- Il periodo preistorico

- Reperti rinvenuti tra la fine dell'800 ed i primi del '900

- La fase più antica dello stanziamento coloniale: materiali ceramici tardo-geometrici di produzione corinzia e di produzione euboico-cicladica e di imitazione; corredi rinvenuti nella necropoli settentrionale; anfore da trasporto arcaiche, di fabbriche diverse, tutte riutilizzate come sepolture

Piano 1

- Monete del V sec a.C. dal quartiere settentrionale della città

- Le aree sacre della città: rivestimenti architettonici ed antefisse a maschera silenica

- L'abitato arcaico e classico, le necropoli del V sec. a.C. e quelle ellenistiche (III sec. a.C.)

Torrione del Fortino Borbonico

- Reperti da recuperi subacquei (ceppi d'ancora, macine, anfore)